1.由于秸稈還田量過大或不均勻易發生土壤微生物（即秸稈轉化的微生物）與作物幼苗爭奪養分的矛盾，甚至出現黃苗、死苗、減產等現象。所以一般每畝秸稈粉碎翻壓還田不超過300公斤，最多不超過500公斤，否則，會影響秸稈在土壤中的分解速度及作物產量。因此在秸稈直接還田時，一般還應適當增施一些氮肥，缺磷的補施磷肥，但這樣又會增加秸稈還田的成本，有時農民也不樂意。

2.秸稈翻壓還田后，使土壤變得過松，孔隙大小比例不均、大孔隙過多，導致跑風，土壤與種子不能緊密接觸，影響種子發芽生長，使小麥扎根不牢，甚至出現吊根。我們應該采取的措施是適時灌水，或用石硫碾壓，使土壤與種子接觸緊密，能夠正常發芽。或者是加大粉碎細度，最好達到3.5厘米以下，但這樣就會增加能耗，加大成本。

3.易發生病蟲害。秸稈中的蟲卵、帶菌體等一些病蟲害，在秸稈直接粉碎過程中無法殺死，還田后留在土壤里，病蟲害直接發生或者越冬來年發生。目前還沒有有效的措施進行處理。

4.目前我國農村的耕作制度，不適合大面積的機械作業，農民都是一家一戶，土地面積小，大面積，的農業機械作業還推廣不開，小面積的秸稈機械還田成本高，農民不易接受而且技術不成熟，在晴朗干燥的天氣作業造成黃土飛揚、塵埃滿天的污染。

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